Za vlády Karla IV. (14. století) došlo v důsledku nuceného odklonu od mezinárodního obchodu k výrazné podpoře domácího podnikání. Podnikatelé získávali četné výsady a bezúročné půjčky. Zejména byl vytvořen jednotný celní řád, který zrušil do té doby běžná ochranářská (a ve své podstatě ještě středověká) regionální a městská cla a nahradil je jednotným celním sazebníkem platným pro celou monarchii, což výrazně zlepšilo podmínky pro obchod alespoň uvnitř rakouského soustátí. Přesto nelze mluvit o něčem jako volný trh. Objem exportu z Čech do zahraničí byl téměř dvojnásobný oproti exportu do ostatních oblastí monarchie.
I v rámci českých zemí existovalo jisté rozdělení, kdy z Čech směřoval hlavní vývoz po Labi do německých zemí s cílem v Hamburku, zatímco z Moravy export putoval především na jih k Černému moři nebo oderskou cestou k Baltu. Vzhledem k neúspěchu plánů na vytvoření odersko - labského kanálu překonala toto rozdělení až výstavba tzv. císařských silnic, které v době před vznikem železnice představovaly hlavní komunikační systém.
Vznik manufaktur se v počátku odehrával zcela mimo staré cechovní struktury, které pomalu ztrácely své někdejší výsadní postavení. Navazoval zejména na rozvinutá domácká řemesla, zejména plátenictví. V raném období se tak jednalo hlavně o tzv. rozptýlené manufaktury. Přadláci a tkalci žili na vesnicích, hlavně v podhorských oblastech, často ještě v nevolnickém poměru ke své vrchnosti. Jejich výrobky vykupovali tzv. faktoři (prostředníci mezi podnikateli a domáckými dělníky), kteří je dodávali do velkých skladů v Lužici a Slezsku, odkud se přes Hamburk vyvážely do Anglie. Faktoři drobným řemeslníkům také práci přidělovali. Celý systém byl organizován za vydatné pomoci zahraničních odborníků povolávaných šlechtickými podnikateli, kteří disponovali potřebným kapitálem i dostatkem pracovních sil. Ostatně výchozí podmínky českých zemí pro rozvoj průmyslové výroby byly ve srovnání s ostatními státy monarchie poměrně dobré. Země disponovala potřebnými surovinovými zdroji i dobrou úrovní řemeslné výroby.
V oblasti textilní výroby pak došlo k dalšímu pokroku, totiž ke vzniku manufaktury centralizované, kde již nebyly jednotlivé fáze výroby rozptýlené mezi na sebe navázané a lokálně rozptýlené dílny, ale výroba byla soustředěna na jedno místo. První takovou manufakturou byla výrobna sukna v Horním Litvínově, založená Janem Josefem z Valdštejna v roce 1693, další pak punčochárna v Oseku, založená při místním klášteře v roce 1695 povolaným saským specialistou. Dalším odvětvím, které dosáhlo velkého rozmachu, bylo sklářství, které se rozvíjelo především v lesnatých a pohorských krajích (Jizerské hory a Pošumaví). Ty poskytovaly jednak základní surovinu pro výrobu skla (křemičitý písek), a jednak dostatek dříví na výrobu dřevěného uhlí nezbytného pro provoz sklářských pecí. Podle dochovaných pramenů tzv. český křišťál dosahoval kvality vyhlášeného benátského skla a představoval jeden z hlavních vývozních artiklů. Díky nižší ceně než zavedené výrobky benátské se prosadil nejen v balkánských oblastech, ale i ve vyspělých zemích západní a jižní Evropy. V průběhu osmnáctého století se kromě výše zmíněných odvětví začíná rozvíjet i cukrovarnictví, výroba porcelánu (Horní Slavkov) a papírnictví.
Zajímavé je, že již tehdy byly položeny základy budoucích průmyslových regionů. A protože první strojová výroba byla vázána na vodní pohon, vytvářela se centra této výroby v oblastech, kde pro to byly příhodné přírodní podmínky při tocích malých, ale vydatných řek (Jizera, horní tok řeky Moravy, Labe a Odry, částečně též Vltava a další). Jednalo se tedy zejména o podhorské regiony na severu Čech a severní Moravy s převažující soukenickou výrobou, sklářstvím, prvními hutěmi a začínající strojírenskou výrobou. I když vodní pohon později vytlačily parní stroje, tyto regiony si stále zachovaly svůj „průmyslový charakter“, i když postupem doby se výrobní sortiment samozřejmě částečně obměnil. V důsledku napoleonských válek a s tím spojené kontinentální blokády došlo k úpadku tradičních exportních odvětví, jako bylo plátenictví a sklářství, zároveň se však objevila odvětví nová. Kvůli totální absenci dovozu zejména z Anglie se začalo rozmáhat domácí bavlnářství, soukenictví a výroba a zpracování železa, tedy produkce, která až do té doby byla téměř výhradně kryta dovozy.