Pertenencia a la Alianza del Atlántico Norte
La República Checa se integró al sistema de defensa colectiva el 12 de marzo de 1999 con su entrada en la OTAN, para lo cual llevaba esforzándose desde comienzos de los 90. Ya antes había conseguido el estatus de delegado afiliado, y se había unido al programa de Sociedad para la Paz.
En noviembre de 2002 se celebró en Praga, la capital de la República Checa, la cumbre de la OTAN. La importancia de esta cumbre queda reflejada no sólo por medio de la entrada oficial en la Organización de siete nuevos estados (Estonia, Letonia, Lituania, Eslovaquia, Rumanía, Bulgaria y Eslovenia), sino por la apertura del importante tema de la transformación que debe sufrir en atención a la nueva amenaza del terrorismo.
Unidades checas en la OTAN
El ejército checo comenzó rápidamente a colaborar con la OTAN por todo el mundo. Los soldados checos actúan en las unidades de acción rápida, participan permanentemente en el sistema dedefensa antiaérea y se han comprometido a aceptar contingentes de otras fuerzas armadas en caso de necesidad en el territorio de la República Checa.
Diversos cuerpos del ejército checo han intervenido e intervienen en misiones internacionales, como las de Kosovo y Afganistán (Operación libertad permanente), bajo la comandancia general de la OTAN. En Afganistán han intervenido unidades correspondientes de fuerzas especiales de Prostějov en la lucha contra los talibanes y contra miembros de la organización terrorista Al-Qaeda. En Kosovo los soldados checos forman parte de de la misión KFOR con vistas a la democratización y a la recuperación del territorio.
La República Checa, de todas formas, no toma parte sólamente en misiones militares, sino que también participa en numerosas misiones humanitarias.