La Grande-Bretagne et la France, paralysées par leurs expériences de la première guerre mondiale et conscientes de leur propre manque de préparation à la guerre, décidèrent de céder politiquement à l'Allemagne. Après la conférence de Munich en 1938, la Hongrie reçut le sud de la Slovaquie et la Russie sub-carpathique, la Pologne une partie de la région de Těšín et de la Slovaquie du Nord. L'état commença à souffrir de pertes au niveau industriel, de l'interruption de liaisons de communication et de l'afflux de réfugiés car quelque 150 000 personnes avaient dû quitter les Sudètes.
Hitler émit un décret d'instauration du Protectorat de Bohême-Moravie. Le gouvernement du Protectorat fonctionnait sous la direction et la surveillance allemandes. La Résistance, qui s'efforçait de restaurer la Tchécoslovaquie d'avant-guerre, accueillit favorablement l'éclatement de la Seconde guerre mondiale. Seule la défaite totale de l'Allemagne pouvait conduire à la libération de la nation de l'occupation nazie.
En septembre 1941, Reinhard Heydrich fut nommé Protecteur du Reich en Bohême : il instaura immédiatement la loi martiale et fit arrêter et exécuter de nombreuses figures de proue de la résistance intérieure. Parmi les personnes exécutées figurait également le premier ministre du gouvernement du Protectorat, le général Alois Eliáš .
La position du gouvernement tchécoslovaque en exil et du président Beneš était d'autant plus difficile que l'amputation, la décomposition et l'occupation de la Tchécoslovaquie avaient eu lieu avant le début de la Seconde guerre mondiale. Néanmoins, le gouvernement tchécoslovaque en exil obtint la révocation des signatures française et britannique des accords de Munich et la restauration de la Tchécoslovaquie. Après 1941, le Parti communiste tchécoslovaque commença à s'intégrer de plus en plus dans les deux branches de la résistance nationale (locale et étrangère). Sa direction était exilée à Moscou.
En Slovaquie, rangée du côté de l'Allemagne, la résistance démocratique et communiste s'était rassemblée pour créer, au sommet, le Conseil national slovaque.
Le 29 août 1944 éclata le "Soulèvement national slovaque" dont les représentants se déclarèrent pro-tchécoslovaques. La mobilisation générale de l'armée tchécoslovaque fut décrétée sur le territoire de l'insurrection. Les insurgés résistèrent, pendant deux mois, aux Allemands, en supériorité numérique. La lutte se poursuivit dans les montagnes mais l'insurrection fut réprimée.
Le président Beneš , qui avait un pouvoir décisif dans la mise en place de la politique étrangère tchécoslovaque, était tout à fait conscient de l'influence croissante de l'Union soviétique dans le monde de l'après-guerre. En 1943, il signa un traité d'alliance avec l'Union soviétique. En mai 1945, Prague se souleva et l'armée allemande capitula devant les insurgés qui acceptaient de les laisser partir librement. L'Armée rouge arriva à Prague le 9 mai 1945 et affronta les dernières brigades fanatiques allemandes. La Tchécoslovaquie fut essentiellement libérée par l'Union soviétique, l'armée américaine n'intervenant que dans l'ouest de la Bohême.
Les évènements de Munich, le protectorat et la terreur allemande vis-à-vis de la population civile pendant la guerre furent à l'origine d'une aggravation de l'opinion des Tchèques vis-à-vis des Allemands . Au cours des premiers mois d'après guerre, il y eut des expulsions sauvages de la population allemande ce qui suscita des critiques dans le camp des alliés occidentaux. En Tchécoslovaquie, l'opinion générale était convaincue de la nécessité de l'expulsion de la population allemande. La conférence de Postdam, en 1945, approuva officiellement l'expulsion des minorités allemandes de Tchécoslovaquie, de Pologne et de Hongrie.