Le début du quinzième siècle est lié aux guerres hussites qui s'accompagnèrent d’un déclin économique sensible. En conséquence, le pays se retrouva isolé au niveau international, car le pape et avec lui toute l’Europe catholique, proclama l’interdiction du commerce avec la Bohême "hérétique", ce qui de facto revenait à un embargo commercial. L’Etat s'en trouva fortement affaibli et dans cette situation, ni la production, les métiers ou le commerce ne pouvaient évoluer de manière positive. En conséquence des épidémies, de la famine, et d’autres phénomènes négatifs accompagnant les guerres hussites, la population a diminué de 40 à 50 % sur le territoire des pays tchèques. Le rétablissement a duré un certain temps. Quoique le mouvement hussite ait également eu ses côtés positifs car il a certainement contribué à une importante prise de conscience nationale, du point de vue de la vie économique, ses conséquences n'ont été que négatives.
Après l'arrivée de Georges de Poděbrady au pouvoir, la vie économique s'est sensiblement ravivée et c’est grâce à son activité diplomatique que s'est développé le commerce international, si important. Le pays a ainsi pu se rétablir rapidement de la dépression économique provoquée par l’instabilité politique des années précédentes.
Au seizième siècle au contraire, nous observons un grand essor. La production devint de plus en plus sophistiquée, notamment grâce à l’arrivée des maîtres étrangers, encore une fois le plus souvent originaires d’Allemagne et d’Italie. Sous le règne de Rodolphe II, Prague devint de fait la capitale de l’empire et avec la cour de Rodolphe arrivent aussi les plus grands artistes et scientifiques de l’époque. Dans les ateliers d’alchimistes au Château de Prague, hormis les curieuses recherches de la pierre philosophale, ont également lieu les premières découvertes en sciences naturelles, et en chimie en particulier. C'est ici qu'il faut chercher les débuts de l’une des branches industrielles les plus importantes qui va influencer plus tard, comme bien peu d’autres, la vie économique de la Bohême.