L’église Saint-Nicolas fut édifiée dans la première moitié du 18ème siècle par le célèbre architecte Ch. Dientzenhofer et son fils K. I. Dientzenhofer et constitue une brillante illustration du baroque à son apogée. On la désigne souvent comme le plus bel édifice du baroque tchèque, à la fois du point de vue architectural mais aussi du point de vue de la décoration intérieure.
De la somptueuse décoration intérieure on retiendra notamment la fresque de J. L. Kracker , dans la nef principale, représentant une scène de la vie de saint Nicolas, qui, avec ses 1500 m2, fait partie des plus grandes en Europe. L'impact suscité par les intérieurs est complété par les grandes statues de I. F. Platzer et les tableaux de Karel Škréta .
Au cours de son séjour à Prague, Wolfgang Amadeus Mozart joua de l’orgue dans cette église. Aujourd'hui, l'église accueille toujours des concerts.
Du haut du clocher de l’église on peut découvrir une vue magnifique du quartier de Malá Strana (Petit Côté).