Pour les critiques, le remède consistait en un retour aux idéaux originels de l'Eglise : la diffusion de la loi divine et le respect des enseignements de la Bible. Ils exigeaient de l'Eglise qu'elle renonce aux pouvoirs profanes et à son immense patrimoine, ce que l'Eglise ne fit évidemment pas.
A Prague, à la Chapelle de Bethléem, prêchait un professeur de l'université de Prague, maître Jan Hus . A ses yeux, la Bible était le modèle et l'autorité suprême et il se faisait le chantre d'une Eglise pauvre. L'objectif des efforts de l'Homme sur terre était de se rapprocher de la perfection du monde divin. Selon Hus et ses adeptes, la désorganisation de la vie sur terre était un signe avant-coureur de l'arrivée de l'antéchrist sur la terre. Les enseignants allemands de l'université de Prague n'approuvaient pas les idées de Hus et allèrent se plaindre de ceux qu'ils considéraient comme des hérétiques auprès du pape en personne. Venceslas IV, furieux que l'on puisse porter préjudice à la réputation du royaume à l'étranger, procéda à des mesures de rétorsion. Par le décret de Kutná Hora de 1409, il remit la direction de l'université entre les mains du groupe de Hus. Il modifia les règles de vote : la nation tchèque obtint trois voix contre une voix commune pour les autres nations étrangères. Il en résulta un profond différend qui provoqua le départ des enseignants et des étudiants allemands vers d'autres universités de l'Empire.
Au début, le roi soutint Hus , mais la critique de Hus au sujet de la vente des indulgences ainsi que la réputation du royaume où le roi soutenait les hérétiques, changèrent la donne. Le pape prononça un interdit sur Prague (interdiction des cérémonies religieuses – enterrements, mariages, baptêmes, etc.) qui vaudrait tant que Jan Hus resterait dans la ville.
Une partie de l'Eglise essayait de résoudre les problèmes et tout particulièrement le schisme, par l'intermédiaire de conciles. Il était d'ailleurs grandement temps, dans la mesure où l'Europe, au cours de la deuxième décennie, avait déjà trois papes qui se disputaient entre eux. Jan Hus se présenta au concile de Constance , convoqué par le frère du roi de Bohême, Sigismond de Luxembourg, afin d'y défendre le bien-fondé de la réforme tchèque de l'Eglise. Ses efforts furent vains. Il ne réussit pas à convaincre les représentants de l'Eglise. Il refusa de se rétracter et fut brûlé vif à Constance le 6 juillet 1415 . Aujourd'hui, une fête nationale tchèque rappelle cette date. Les délégués du concile réussirent à mettre fin au schisme papal.
En Bohême, les résultats du concile n'apaisèrent cependant pas la situation. Au contraire, l'agitation ne cessait de monter et les sentiments religieux s'exacerbaient à l'extrême. Les gens étaient persuadés que la fin du monde dépravé était proche. Les chrétiens fidèles ne pouvaient espérer le salut que dans cinq villes tchèques élues, Žatec, Pilsen, Klatovy, Louny, Slaný.
Le 30 juillet 1419, les Pragois, menés par le prédicateur Jan Želivský , défenestrèrent les conseillers anti-réformistes à l'Hôtel de ville de la Ville-Nouvelle. La défenestration de la Ville-Nouvelle marque le point de départ de la révolution hussite , un mouvement qui fit de la Bohême le centre des événements européens pendant plusieurs dizaines d'années et qui s'acheva sur la renonciation de l'Eglise catholique au maintien d'une seule croyance dans sa sphère d'influence.
Au printemps 1420, les hussites fondèrent leur propre ville – Tábor . Ils essayèrent d'y concrétiser l'idée d'une société juste et égalitaire. Sigismond , dont les prétentions au trône n'avaient pas été reconnues, tenta de conquérir le royaume par les armes. Il organisa plusieurs croisades, mais qui restèrent infructueuses. Lors de la diète de Čáslav en 1421, un groupe de vingt membres fut élu pour régner à la place de Sigismond qui avait été détrôné. Il comprenait huit bourgeois, sept représentants de la petite noblesse et cinq seigneurs. Les quatre "articles pragois", soit la possibilité de prêcher librement la parole de Dieu, la communion sous les deux espèces, l'interdiction de tout pouvoir profane pour le clergé et le châtiment des péchés mortels devinrent le programme hussite .
Le plus grand général des armées hussites était Jan Žižka de Trocnov , créateur d'une tactique de défense basée sur l'utilisation d'un rempart de chars de guerre . Par rapport aux méthodes de l'époque, qui consistait essentiellement dans la charge de la cavalerie, le rempart de chars de guerre représentait un obstacle pratiquement insurmontable.
Du vivant de Žižka, le mouvement hussite se scinda en plusieurs courants : les Pragois, les orphelins (qui choisirent cette dénomination après la mort de Jan Žižka) et les combattants de Tábor. La figure de proue de ce courant était le prêtre Prokop Holý surnommé le Grand. Sous sa direction, les armées hussites remportèrent des batailles contres les croisés à Ústí nad Labem en 1426 et à Tachov en 1427. Près de Domažlice, en 1431 la bataille n'eut finalement pas lieu, car la plus grande partie de l'armée des croisés se sauva en entendant l'armée hussite entonner à l'unisson le chant "Qui sont les combattants de Dieu".
Tandis que dans la première phase de la révolution, les hussites se concentraient sur la défense contre les attaques extérieures, dans la deuxième phase, ils passèrent à l'offensive. Ils se lancèrent sur les routes des autres pays de la Couronne de Bohême (qui étaient, en dehors de la Bohême, la Moravie, la Silésie, la Haute et la Basse Lusace), mais aussi de la Slovaquie, des autres régions du Saint empire et, au service du roi polonais, montèrent jusqu'à la Baltique.
L'Eglise catholique préféra alors parier sur la diplomatie plutôt que sur la force . Au concile de Bâle, elle ouvrit des négociations avec les hussites. L'aile radicale des hussites voulait impérativement obtenir l'obligation de la communion sous les deux espèces au mépris des pertes, de la fatigue et de l'épuisement que provoquait une si longue guerre. Dans l'espoir d'affaiblir les catholiques, ils assiégèrent la ville de Pilsen, un bastion catholique, mais la ville réussit à se défendre.
La mouvance radicale fut vaincue par une coalition de hussites modérés et de catholiques tchèques à la bataille de Lipany en 1434 . Cette défaite n'était pas due au nombre des attaquants de la coalition, mais à une ruse militaire – la coalition simula une fuite du champ de bataille, ce qui fit sortir les radicaux de leur rempart de chars sans même réfléchir. La contre-attaque qui s'en suivi et la destruction du rempart de chars signèrent leur défaite.
En 1436, l'accord trouvé lors du concile de Bâle (les "compactata") fut proclamé à Jihlava. La communion sous les deux espèces était acceptée ainsi que, sous une forme affaiblie, les trois autres articles pragois dans le royaume de la Bohême et dans le margraviat de Moravie. Pour la première fois, l'Eglise catholique accepta la coexistence de deux confessions sur les territoires qu'elle gouvernait. Le mouvement hussite fut le signe avant-coureur de la Réforme européenne et un premier pas en direction de la liberté religieuse. L'art militaire tchèque y reçut ses lettres de noblesse et les combattants tchèques devinrent très demandés dans d'autres armées.
Le rempart de chars, s'il était construit au bon endroit, représentait un obstacle insurmontable pour les moyens militaires de l'époque. Il ne risquait d'être détruit qu'au moment où on le déplaçait et s'il n'était pas réagencé et refermé à temps. Son importance n'a décliné qu'après l'arrivée des canons.
L'époque hussite a également provoqué d'énormes transferts de patrimoine . La plus riche classe sociale – les bourgeois allemands – disparut des villes. Les biens de l'Eglise furent confisqués par l'aristocratie et par les villes, sans aucune distinction de confession. L'influence politique de l'Eglise catholique déclina. Elle perdit sa représentation à la diète de Bohême. Sigismond, après des années d'attente, devint enfin roi, mais pour pouvoir reprendre le pouvoir, il dut prendre acte de l'état des choses.
En 1452, Georges de Poděbrady , aristocrate tchèque et hussite modéré, qui avait lutté à Lipany aux côtés des vainqueurs, fut élu gouverneur . Après la mort du roi Ladislav le Posthume, il fut élu roi par les états en 1458. Il dut lutter avec l'étiquette de souverain "hussite hérétique" car il régnait sur un royaume où les deux pratiques religieuses étaient autorisées. Le pape Pie II profita du fait que les compactata n'avaient été approuvés que par le concile et non par le pape pour les déclarer nuls et non avenus.
Georges de Poděbrady dut alors faire face à la menace d'isolement international et au retour de la foi catholique comme unique confession en négociant et en faisant preuve de diplomatie. Il proposa la création d'une union des souverains européens qui aurait eu ses propres institutions législatives et juridiques, un projet qui ressemblait à ce qu'est l'ONU actuellement. Le message du roi de Bohême fit le tour des cours européennes dans les années 1464–1466, mais malheureusement sans succès.
Georges de Poděbrady devait en plus gérer une situation intérieure qui s'aggravait : les catholiques tchèques s'étaient rassemblés au sein de l'Union de Zelená Hora et se révoltèrent contre lui. A l'extérieur, le pays était menacé par le roi de Hongrie Mathias Corvin qui souhaitait faire sienne la couronne de Bohême. Dans cette situation, Georges de Poděbrady signa, à la fin de sa vie, un accord de succession avec la dynastie polonaise des Jagellons qui occupèrent le trône de Bohême jusqu'au début du 16ème siècle.